Siempre que el método de pago elegido sea inmediato, cuando el pedido se realice en Prestashop y automáticamente pase a Dolibarr, se producirá el decremento del stock en Dolibarr, esto es lo correcto, ya que cuando alguien realiza un pedido en prestashop y selecciona una modalidad de pago NO INMEDIATO (transferencia, contrarreembolso, etc ... ), no se debería restar stock hasta que no se realiza el pago. Esto Dolibarr lo controla bien, gracias al conector, aunque en prestashop, una vez realizado el pedido ya se decrementa su stock.
Es por ello, que debemos focalizar o centralizar el trabajo con nuestra herramienta de gestion Dolibarr y no con Prestashop.