Si, con dolibarr se puede trabajar con varias empresas, siempre que se adquiera el módulo MULTICOMPANY (multiempresa).
El Core de dolibarr está preparado para trabajar con este módulo aunque no se tenga. Lo único que hay que tener cuidado, es con los módulos externos que deben estar preparados para trabajar con el módulo multiempresa, es decir, que cuando se adquiera este módulo nos debemos asegurar previamente que los módulos externos que tengamos instalados, estén adaptados, o bien si es así, los próximos módulos que instalemos lo sean.